按制曲原料來分主要有小麥和稻米。故分別稱為麥曲和米曲。用稻米制的曲，種類也很多，如用米粉制成的小曲，用蒸熟的米飯制成的紅曲或烏衣紅曲，米曲(米曲霉)。

按原料是否熟化處理可分為生麥曲和熟麥曲。

按曲中的添加物來分，又有很多種類，如加入中草藥的稱為藥曲， 加入豆類原料的稱為豆曲(碗豆，綠豆等)。

按曲的形體可分為大曲(草包曲，磚曲，掛曲)和小曲(餅曲)，散曲。

按酒曲中微生物的來源， 分為傳統酒曲(微生物的天然接種)和純種酒曲(如米曲霉接種的米曲，根霉菌接種的根霉曲，黑曲霉接種的酒曲)。

現代大致將酒曲分為五大類，分別用于不同的酒。它們是:

麥曲，主要用于黃酒的釀造;

小曲，主要用于黃酒和小曲白酒的釀造;

紅曲，主要用于紅曲酒的釀造(紅曲酒是黃酒的一個品種);

山東低溫清茬大曲，用于蒸餾酒的釀造。

麩曲，這是現代才發展起來的，用純種霉菌接種以麩皮為原料的培養物。可用于代替部分大曲或小曲。迄今麩曲法白酒是白酒生產的主要操作法之一。其白酒產量占總產量的70%以上。